Die St.-Pauli-Kirchengemeinde entstand mit der Neueinteilung der Pfarrgemeinden um 1180. Von der damaligen, urkundlich erstmals 1229 erwähnten, wahrscheinlich romanischen Vorgängerkirche ist aber kein Grundriss überliefert und es liegen bisher nur wenige archäologische Befunde vor.
Die heutige dreischiffige und dreijochige, typisch westfälische Hallenkirche stammt aus der Mitte des 14. Jahrhunderts und der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts. Zu den ältesten Teilen gehören das Langhaus und der fünfgeschossige Turm (um 1350). Der Chor ist fast ein Jahrhundert jünger und erst in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts vollendet worden. Um 1530 wurde in dieser Kirche durch den Kaplan Johann Kelberg zum ersten Mal in Soest evangelisch gepredigt. Als 1552 die evangelische Lehre endgültig Einzug hielt, war es erneut die „Paulikirche“, die als erste Pfarrkirche in Soest ihre Türen der neuen Lehre öffnete.
Die ältesten Glasfenster in der Kirche gehören zu den ältesten noch erhaltenen gotischen Malereien in Soest und stammen aus der Zeit um 1300.
In das Orgelprospekt von 1675 baute die berühmte Firma Walcker 1895 ein neues Werk im damals modernen romantischen Stil ein. Weiterhin sind noch die Renaissance-Kanzel aus der Zeit um 1580, die Priechen (Holzempore für adelige Gemeindemitglieder) und die Altartafel aus der Zeit um 1430 aus der Schule des Conrad von Soest besonders sehenswert. Der Zweite Weltkrieg ging auch an dieser Kirche nicht spurlos vorbei, viele Fenster und ein Gewölbe wurden zerstört. Die Instandsetzung der Schäden dauerte bis 1950.
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